折耳配立耳不会直接导致疾病，但与其相关的一些健康问题应该被关注。

折耳的猫、狗及兔子容易因为其耳朵的特殊形状而导致耳道清洁不良，因为耳道不能充分通风使得耳朵更容易感染。这些动物还可能出现过敏、皮肤炎、耳炎等问题。所以通常折耳宠物比立耳宠物需要更多的日常维护和关注它们的耳朵。折耳的某些犬种（如法国斗牛犬）还有发生耳道狭窄、感染等严重健康问题的风险。

此外，畜禽中被遗传到折耳耳型的动物可能还会出现其他健康问题，例如牛的流产、对压力敏感等。因此，在繁殖之前应该注意与动物福利相关的基因问题，并根据科学建议做出选择。